据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
本作将讲述与“结”有关的都市传说。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
2018年10月31日，熙熙攘攘的涩谷车站正值万圣节，人们欢庆佳节，此时突然一道帷幕落下，许多平民被困其中。现代最强的魔法师五条悟独自一人进入车站。然而，他却遭遇了诅咒者和被诅咒的亡灵，他们正密谋封印五条悟。虎杖悠仁和其他许多魔法师聚集在涩谷。史无前例的大规模诅咒交换——涩谷事件——就此爆发。随后，战斗升级为“死亡大逃亡”，这是由史上最恐怖的魔法师鸭则道策划的一场杀戮狂潮。涩谷事件之后，日本的十个结界殖民地沦为邪恶的巢穴。在这片混乱之中，特级魔法师奥骨雄太作为虎杖的刽子手，挡在了虎杖的面前。虎杖绝望地继续战斗。奥骨雄太毫不留情地将刀指向了他。诅咒带来的混乱愈演愈烈。同为师父的虎杖悠仁和奥骨展开了一场生死之战……
