这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
羽鸟智世（种崎敦美 配音）表面看来只是一个略微冷淡的平凡少女，实际上却隐藏着可怜的身世。年幼时，智世的母亲自杀，父亲离家出走，无处可去的他在十五岁那一年成为了商品被地下拍卖会组织卖给了名为艾利亚斯（竹内良太 配音）的魔法使。其实，智世拥有着夜之宠儿的特殊体质，能够在无意识之中吸收外界所散发的魔力，是十分稀有的物种。智世成为了艾利亚斯的助手，利用自己的超能力帮助艾利亚斯解决教会委托的任务。在此过程中，艾利亚斯的温柔和体贴不断的治愈着智世的内心，智世也渐渐学会了使用自己的能力去将周遭的世界改变的更加美好。
副会长四宫辉夜与学生会长白银御行在秀知院学园的学生会相遇，两名天才在历经了漫长的恋爱头脑战后，终于向对方表达了自己的心意，在“奉心祭”首度接吻。然而两人还是没有做出明确的告白，原以为就要成为恋人了，但却依然维持着暧昧关系，反而变得更加在意彼此，两人就这么迎向了圣诞节。“渴望变得完美”的白银，与追求他的“不完美”的辉夜，这是天才们极其“普通”的恋爱故事
本作围绕着高中生的日常生活，讲述了在“炼金术”盛行的时代中，青年人们为了守护正义...
在幽暗森林的最深处，在毒蘑菇的家中悄然栖居，住着一位名叫露娜的魔女。露娜碰过的地方会长出毒菇，吐出的气息带有毒菇孢子，因此没有人敢接近她。某天，露娜和以往一样为了卖药而前往城镇。她调制的药剂作为万能药广受欢迎，凡是得到它的人，都会异口同声地道谢。可谁都不知道制药的人究竟是谁。即便如此，露娜今天仍在继续熬制药剂。就在那一天，从未体会过人间温暖的孤独少女露娜，即将迎来梦幻般的邂逅……“蘑菇魔女”爱与冒险交织的故事即将展开。 关于心地善良的黑魔女露娜，以及围绕在她身边的人们的故事，属于每个人的爱的故事。
