Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
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讲述天才发明家的小学生·狸猫，因事故而失去了心爱的姐姐，由狸猫开发的“姐姐·机器人”的故事
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
思春期症候群——这是一种只发生在易敏感和不稳定的青春期的、不可思议的现象。 例如，在梓川咲太面前出现的野生兔女郎。 她的真实身份是高中高年级学生，明星活动休止的女演员樱岛麻衣。她迷人的身姿，不知为何在周围的人眼里看不出来。 咲太决定解开这一谜题。在于麻衣一起度过的时间里，咲太知道了她秘密的想法…… 女主人公们一个接一个地出现于咲太的周围，她们都有着“青春期症候群”。在天空和大海都很闪耀的小镇上，开始了令人激动的故事。
