Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
勇者刑是最严重的刑罚。犯了大罪被判处勇者刑的人，将受到勇者的惩罚。所谓惩罚，就是在突然产生魔王军的魔王现象的最前线，即使被魔物杀害，也必须复活并继续战斗。数百年战斗不休的狂战士、史上最恶劣的小偷、骗子政治犯、自称国王的恐怖分子、成功率为零的刺客等，全部是性格破绽者组成的惩罚勇者部队。他们的领袖、因“杀死女神”的罪名自己也被判处勇者刑的原圣骑士团长扎伊洛·福尔巴茨，在战争中遇到了至今为止一直被隐藏着存在的“剑之女神”特奥丽塔。“助我一臂之力，接下来我们要打倒魔王”“就是这种意思。 胜利的时候请抚摸我的头哦”当两人签订契约的时候，一个改变被绝望笼罩着的世界的惨烈英雄的故事拉开
女高中生铃木的个性开朗、交友甚广、擅长察言观色，是班上的中心人物之一，她喜欢的对象是坐在自己隔壁的男同学谷，而谷的个性与铃木恰恰相反，他内敛沉稳、有主见、待人一视同仁。铃木一直无法鼓起勇气告白，直到某日一个偶然机会，两人放学回家时走在同一条路上，并因此牵起了手。之后两人相互倾诉对彼此的好感，并开始交往，而同学们虽然感到讶异，但也都很支持两人的恋情。
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现代幽灵寄宿在「手机」！你的手机里也有──打架正好。破坏万岁。靠着极尽暴虐之能事的影片企划大赚一笔的炎上系直播主「煽火苹果」，缘城苍吏15岁。苍吏在大众认知是麻烦精的化身，但实际是最喜欢妹妹与甜点的温柔哥哥。争议影片也只不过是为了帮体弱多病的妹妹筹措庞大医药费的手段，即使被全人类讨厌，只要妹妹健康就是幸福。直到最爱的妹妹发生变异──祓除电子化的幽灵！学园×灵媒×动作奇幻故事开幕！
醒来时，我发现自己身处一片陌生的森林。这里仿佛是我从未涉足的奇幻世界。环顾四周，到处都是可怕又奇异的怪物。当我看向自己时，我看到了……等等！我转生成了一颗蛋？！虽然我可以进化成龙，但似乎我必须狩猎怪物、提升等级才能破壳而出。我根本没法战斗！毕竟我只是一颗蛋啊！我好不容易进化了，可遇到的那些人类却把我当成了“怪物”。我只想和人类成为朋友！我总是处境艰难！
津田茜（28岁），一家大型电子产品制造商企划部的OL，工作极其认真负责。在公司里，她是部门的王牌，备受瞩目。然而，在私生活中，她房间凌乱，酗酒成性，而且从未谈过恋爱。某天，在一次醉酒后，她感到无比孤独，竟然买了一个名叫抚子的性爱机器人……！？这位单身OL和机器人就这样开始了她们的同居生活！
故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
被宣告解除婚约，即将被流放到国外的缇亚拉萝丝。“这不是我玩的乙女游戏吗！”在剧情结束前一天，终于回想起来了！只能等着被判罪吗？但是，明明没做过什么坏事啊……虽然这样思索着，然而结局已经近在眼前了。但是！在判罪过程中发生了——游戏里完全不会发生的事情！邻国的王太子，向作为反派千金的缇亚拉萝丝求婚了！这是一个邻国王子溺爱反派千金的故事。
